|本期目录/Table of Contents|

[1]周梦丽,李红,郭蕾,等.20种前胡属叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].浙江理工大学学报,2025,53-54(自科五):664-675.
　Analysis of codon usage bias in 0  Peucedanum chloroplast genomes.Analysis of codon usage bias in 20 Peucedanum  chloroplast genomes[J].Journal of Zhejiang Sci-Tech University,2025,53-54(自科五):664-675.
点击复制

20种前胡属叶绿体基因组密码子偏好性分析()
分享到：

浙江理工大学学报[ISSN:1673-3851/CN:33-1338/TS]

卷:
第53-54卷
期数:
2025年自科第五期
页码:
664-675
栏目:
出版日期:
2025-09-10

文章信息/Info

Title:
Analysis of codon usage bias in 20 Peucedanum  chloroplast genomes
文章编号:
1673-3851 (2025) 09-0664-12
作者:
周梦丽; 李红; 郭蕾; 王霞; 王瑞红
浙江理工大学生命科学与医药学院，杭州 310018
Author(s):
Analysis of codon usage bias in 20  Peucedanum chloroplast genomes
College of Life Sciences and Medicine, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China
关键词:
前胡属; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 系统发育分析; 自然选择
分类号:
Q943-2
文献标志码:
A
摘要:
为探讨20种前胡属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及其影响因素，使用EMBOSS、CodonW、CUSP软件计算了密码子组成，并用SPSS20 0绘制相应的统计图。结果表明：20种前胡属叶绿体基因组的平均GC碱基数量占比为39.89%，GC 3含量为30.02%~30.22%，ENC值为49.73~49.90，密码子偏好性较弱；蛋白质编码区序列呈现A/T碱基富集现象，第三位密码子大多以 A或U 结尾，中性绘图等分析表明密码子偏好性主要影响因素是自然选择；筛选出29个高频密码子，其中UUA、UGU、UCU等17个为相同的最优密码子，叶绿体基因组编码序列与叶绿体全基因组构建的系统进化树具有极高相似性，密码子使用偏好性与进化关系有关。该研究结果为进一步开展前胡属分子系统学、遗传转化和叶绿体基因工程研究奠定了基础。

参考文献/References:

［1］单人烨, 佘孟兰, 刘守炉. 中国植物志［M］. 北京: 科学出版社, 1992: 123-175.
［2］Song B, Liu C, Xie D, et al. Plastid phylogenomic analyses reveal the taxonomic position of Peucedanum franchetii ［J］. Plants, 2023, 12(1): 97.
［3］Uy N P, Kim H, Ku J, et al. Regional variations in Peucedanum japonicum antioxidants and phytochemicals［J］. Plants, 2024, 13(3): 377.
［4］张雪梅. 前胡属植物的系统学研究进展［J］. 黑龙江农业科学, 2012(8): 156-158.
［5］Yang M, Liu J, Yang W, et al. Analysis of codon usage patterns in 48 Aconitum species［J］. BMC Genomics, 2023, 24(1): 703.
［6］Lin Y, Cheng X, Yang D, et al. Advances in chloroplast expression of recombinant proteins in higher plants［J］. Chinese Journal of Biotechnology, 2018, 34(5): 631-643.
［7］Chen M M, Zhang M, Liang Z S, et al. Characterization and comparative analysis of chloroplast genomes in five Uncaria species endemic to China［J］. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23： 11617.
［8］王平, 赵琴, 严少普, 等. 柴胡属5种植物叶绿体基因组密码子偏好性分析［J］. 分子植物育种, 2023, 1-13.
［9］黄祥, 楚光明, 郑新开, 等. 睡莲属叶绿体基因组密码子偏好性及系统发育分析［J］. 中国农业科技导报, 2022, 24(4): 75-84.
［10］Zhang P, Xu W, Lu X, et al. Analysis of codon usage bias of chloroplast genomes in  Gynostemma species［J］. Physiology and Molecular Biology of Plants, 2021, 27(12): 2727-2737.

相似文献/References:

[1]李红,周梦丽,王霞,等.油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析[J].浙江理工大学学报,2025,53-54(自科三):377.
　LI Hong,ZHOU Mengli,WANG Xia,et al.Analysis of codon usage bias in the chloroplast genome of  Tricyrtis macropoda[J].Journal of Zhejiang Sci-Tech University,2025,53-54(自科五):377.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期： 2025-03-07
网络出版日期： 2025-06-17
基金项目： 浙江省“尖兵”“领雁”研发攻关计划（2023C02017）；浙江省基础公益研究计划（LGN22H280005）；浙江理工大学基本科研业务费（24042128Y）；国家自然科学基金项目（31600183）
作者简介： 周梦丽（1999—），女，山东临沂人，硕士研究生，主要从事植物系统进化与转录组学方面的研究
通信作者： 王瑞红，E-mail：ruihong8977@zstu.edu.cn
更新日期/Last Update: 2025-09-15