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[1]李红,周梦丽,王霞,等.油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析[J].浙江理工大学学报,2025,53-54(自科三):377-384.
　LI Hong,ZHOU Mengli,WANG Xia,et al.Analysis of codon usage bias in the chloroplast genome of  Tricyrtis macropoda[J].Journal of Zhejiang Sci-Tech University,2025,53-54(自科三):377-384.
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油点草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析()
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浙江理工大学学报[ISSN:1673-3851/CN:33-1338/TS]

卷:
第53-54卷
期数:
2025年自科第三期
页码:
377-384
栏目:
出版日期:
2025-05-05

文章信息/Info

Title:
Analysis of codon usage bias in the chloroplast genome of  Tricyrtis macropoda
文章编号:
1673-3851 (2025) 05-0377-08
作者:
李红; 周梦丽; 王霞; 郭蕾; 王瑞红
浙江理工大学生命科学与医药学院，杭州 310018
Author(s):
LI Hong; ZHOU Mengli; WANG Xia; GUO Lei; WANG Ruihong
College of Life Sciences and Medicine, Zhejiang SciTech University, Hangzhou 310018, China
关键词:
油点草; 叶绿体基因组; 密码子偏好性; 最优密码子; 自然选择
分类号:
Q943-2
文献标志码:
A
摘要:
为分析油点草（Tricyrtis macropoda）叶绿体基因组的密码子使用偏好性，探究其密码子使用模式及影响因素，运用CodonW1 4 2、CUSP和SPSS20.0软件计算油点草叶绿体基因组密码子的相关参数并绘制相应的统计图。结果表明：油点草叶绿体中53个蛋白质编码序列（Coding sequence，CDS）的3个密码子位点GC平均值由大到小分别为46.63%(GC1)、39.74%（GC2）和29.05%（GC3），有效密码子数目（Effective number of codon，ENC）平均值为46.96，远大于35.00；密码子适应指数（Codon adaptation index，CAI）在0.11~0.31之间，密码子偏好性受到多种因素的影响，但自然选择是主要驱动力；CUU、UAU、CGA等7个密码子被确定为最优密码子，且都偏好以A或U结尾。该论文结果可为油点草属系统发育关系和叶绿体基因组中密码子的演化研究提供科学依据。

参考文献/References:

油点草；叶绿体基因组；密码子偏好性；最优密码子；自然选择

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期： 2024-08-14
网络出版日期：2024-11-04
基金项目： 浙江省基础公益研究计划（LGN22H280005）；浙江理工大学基本科研业务费（24042128Y）；国家自然科学基金项目（31600183）；浙江省教育厅一般科研项目（Y202353132）
作者简介： 李红（2001—），女，湖南张家界人，硕士研究生，主要从事植物系统进化与基因组学方面的研究
通信作者： 王瑞红，Email：ruihong8977@zstu.edu.cn
更新日期/Last Update: 2025-05-06