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[1]孙杰,李重.基于遗传算法的DNA序列聚类可靠性评估[J].浙江理工大学学报,2017,37-38(自科3):461-466.
 SUN Jie,LI Zhong.Reliability Evaluation of DNA Sequence ClusteringBased on Genetic Algorithm[J].Journal of Zhejiang Sci-Tech University,2017,37-38(自科3):461-466.
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基于遗传算法的DNA序列聚类可靠性评估()
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浙江理工大学学报[ISSN:1673-3851/CN:33-1338/TS]

卷:
第37-38卷
期数:
2017年自科3期
页码:
461-466
栏目:
出版日期:
2017-05-18

文章信息/Info

Title:
Reliability Evaluation of DNA Sequence ClusteringBased on Genetic Algorithm
文章编号:
1673-3851 (2017) 03-0461-06
作者:
孙杰 李重
浙江理工大学理学院,杭州 310018
Author(s):
SUN Jie LI Zhong
School of Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018 , China
关键词:
DNA序列聚类分析进化树Bootstrap可靠性
分类号:
O29
文献标志码:
A
摘要:
聚类分析是分子生物学家推断同源序列进化关系的常用技术,评估聚类的可靠性是聚类分析的重要内容。Bootstrap是评估聚类可靠性的一种统计方法,它替换DNA序列的所有核苷酸碱基以进行采样分析。在Bootstrap方法的基础上,提出了一种评估DNA序列聚类可靠性的改进方法。该方法首先按照一定比例随机抽取原始DNA序列的部分碱基,然后对抽取的每个碱基利用遗传算法进行替换。提出的方法考虑了碱基之间的相关性,得到的样本更接近于原始序列,且更符合生物渐进进化的结果。使用该方法对DNA序列聚类构建的进化树进行可靠性评估。实验结果发现可靠性评估的准确率得到了提高,表明该方法可行、有效。

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期: 2016-11-11
网络出版日期: 2017-04-25
基金项目: 国家自然科学基金项目(11671009);浙江省自然科学基金项目(LY14A010032)
作者简介: 孙杰(1987-),男,河南淮阳人,硕士研究生,主要从事计算机图形、生物信息可视化方面的研究
通信作者: 李重,E-mail:lizhong@zstu.edu.cn
更新日期/Last Update: 2017-09-13